В магистратуру поступают выпускники бакалавриата МДА и других семинарий, которые в будущем собираются стать преподавателями духовных учебных заведений: семинарий, академий и духовных училищ. В магистратуру и аспирантуру МДА кроме лиц мужского пола могут также поступать и лица женского пола (только на отделение Истории и теории Церковного искусства).
На направлении готовят специалистов по мировым религиям, экспертов и преподавателей. Выпускники работают в учебных заведениях, научных центрах, архивах и библиотеках. Они изучают религиозные тексты и документы, занимаются историей религиозных учений, выступают в качестве экспертов в вопросах религии.